Publikationen

Ergänzend zu den Informationen auf dieser Website finden Sie hier Sie eine Reihe von Veröffentlichungen und redaktioneller Beiträge

Wissenschaftliche Artikel

Association Between Serotonin Syndrome and Second-Generation Antipsychotics via Pharmacological Target-Adverse Event Analysis

Rebecca Racz, Theodoros G. Soldatos, David Jackson, Keith Burkhart. Clin Transl Sci (2018) 00, 1–8; doi:10.1111/cts.12543

Reliability of algorithmic somatic copy number alteration detection from targeted capture data

Rieber, Bohnert, Ziehm, Jansen Bioinformatics. 2017 Sep 15;33(18):2791-2798

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Improving drug safety with a systems pharmacology approach.

Bojunga, Zien Eur J Pharm Sci. 2016 Oct 30;94:84-92. doi: 10.1016/j.ejps.2016.06.009

Data mining FAERS to analyse molecular targets highly associated with Stevens Johnson Syndrome

Jackson J Med Toxicol. 2015 Jun;11(2):265-73. doi: 10.1007/s13181-015-0472-1.

Erythropoietin Stimulates Tumor Growth via EphB4

Jackson, Brock, Stein Cancer Cell. 2015 Nov 9;28(5):610-22. PMID: 26481148

How to learn about gene function: text-mining or ontologies?

Soldatos; Perdigão; Brown; Sabir; O’Donoghue Methods. 2015 Mar;74:3-15. PMID:25088781

Visual Analytics of Gene Sets Comparison

Perdigao; Soldatos; Sabir; O’Donoghue Big Data Visual Analytics (BDVA), 2015

Drugs Highly Associated with Infusion Reactions Reported Using Two Different Data-mining Methodologies

Moore, Burkhart, Jackson J Blood Disord Transfus 5:195. doi: 10.4172/2155-9864.1000195

Biggest challenges in bioinformatics.

Fuller; Khoueiry; Dinkel; Forslund; Stamatakis; Barry; Budd; Soldatos; Linssen; Rajput; HUB Participants. EMBO Rep. 2013 Apr;14(4):302-4 PMID:23492829

Src activation by b-adrenoreceptors is a key switch for tumour metastasis

Zien, Soldatos, Jackson Nat Commun. 2013;4:1403. PMID: 23360994

Systemic microRNA measurement, a useful tool for predicting diagnosis in bladder cancer

Zien, Jackson Urol Oncol. 2013 Nov;31(8):1701-8 PMID: 22863868

A Scatter-Based Prototype Framework and Multi-Class Extension of Support Vector Machines

Jenssen R, Kloft M, Zien A, Sonnenburg S, Müller KR. Plos One 7(10): e42947. PMID: 23118845

Caipirini: using gene sets to rank literature.

Soldatos; O’Donoghue; Satagopam; Barbosa-Silva; Pavlopoulos; Wanderley-Nogueira; Soares-Cavalcanti; Schneider BioData Min. 2012 Feb 1;5(1):1 PMID:22297131

Mining Cell Cycle Literature Using Support Vector Machines

Soldatos; Pavlopoulos Artificial Intelligence: Theories and Applications, Volume 7297 of the series Lecture Notes in Computer Science pp 278-284

EMT is the dominant program in human colon cancer.

Jackson BMC Med Genomics. 2011 Jan 20;4:9. PMID: 21251323

Genetic determinants of anticancer drug activity: towards a global approach to personalized cancer medicine.

Picker, Jackson Expert Rev Mol Diagn. 2011 Jul;11(6):567-77. PMID: 21745011

Intelligent Clinical Decision Support Systems for Non-invasive Bladder Cancer Diagnosis

Zien, Jackson Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics Volume 6685 of the series Lecture Notes in Computer Science pp 253-262

Personalized cancer medicine–advances and socio-economic challenges.

Jackson, Sood Nat Rev Clin Oncol. 2011 Oct 11;8(12):735-41: PMID: 21989071

Using graph theory to analyze biological networks

Pavlopoulos; Secrier; Moschopoulos; Soldatos; Kossida; Aerts; Schneider; Bagos BioData Min. 2011 Apr 28;4:10 PMID:21527005

Drug profiling: knowing where it hits.

Jackson Drug Discov Today. 2010 Sep;15(17-18):749-56.

LAITOR – Literature Assistant for Identification of Terms co-Occurrences and Relationships

Barbosa-Silva; Soldatos; Magalhães; Pavlopoulos; Fontaine; Andrade-Navarro; Schneider; Ortega. MC Bioinformatics. 2010 Feb 1;11:70. PMID:20122157

Molecular perspectives on the non-responder phenomenon.

Jackson Drug Discov Today. 2009 Apr;14(7-8):373-9. PMID: 19200455

Serum-based microRNAs: are we blinded by potential?

Jackson Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Jan 6;106(1):E5 PMID: 19106287

Kongressbeiträge

Increased BRCA1/2 classification confidence: comparison of ACMG to public database classification – call for systematic molecular profiling

Kaduthanam, Schmidt-Edelkraut, Santiago-Mozos, Hartenfeller, Narang, Hermanns, Stein, Jackson, Weber, Hettich, Brock, Soldatos ESHG Mailand 2018 Poster abstract (P16.09A (Section P16 – Omics/Bioinformatics))

A machine-learning based functional and clinical impact score for prioritizing variants of unknown significance

Hayat, Hartenfeller, Soldatos, Jansen, Stein WIN 2016 – Poster abstract (e-Poster Session Bioinformatics P1.1)

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Adverse effects of erythropoietin stimulates tumor growth via EphB4

Jackson Proceedings of the 106th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2015 Apr 18-22; Philadelphia, PA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2015;75(15 Suppl):Abstract nr 1952.

Identification of ERBB2 gene variants in HER2 positive disease associated with trastuzumab response in an adjuvant trastuzumab chemotherapy trial

Zien, Gunn, Hartenfeller, Diella, Brock, Stein, Badbanchi,Doerks, Jackson Proceedings of the Thirty-Seventh Annual CTRC-AACR San Antonio Breast Cancer Symposium: 2014 Dec 9-13; San Antonio, TX. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2015;75(9 Suppl):Abstract nr P3-06-22.

Automated retrieval and assessment of biomarker-related evidence for cancer treatment decision support

Zien, Hartenfeller, Diella, Doerks, Soldatos, Jackson Proceedings of the AACR Precision Medicine Series: Drug Sensitivity and Resistance: Improving Cancer Therapy; Jun 18-21, 2014; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2015;21(4 Suppl): Abstract nr A41.

Pilot study characterizing the combined clinical actionability of multiplexed germline and tumor biomarkers.

Soldatos; Morandell; Diella; Badbanchi; Doerks; Sulzer; Stecher; Bien-Willner; Jackson; Stein http://www.winsymposium.org/wp-content/uploads/2015/07/P2.19-Theodoros-Soldatos.pdf

Knowledge prioritization of cancer genomes using oncoscores and functional impact scores to support biomarker discovery and clinical decision making

Soldatos; Badbanchi; Vivas; Zien; Diella; Hartenfeller; Picker; Stein; Jackson Proceedings of the AACR Special Conference on Translation of the Cancer Genome; Feb 7-9, 2015; San Francisco, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2015;75(22 Suppl 1):Abstract nr A1-33.

Prevalence of secondary genetic modifiers on cancer drug biomarkers and implications for the clinical utility of gene-based diagnostics

Sonia Vivas, Francesca Diella, Alexander Zien http://www.winsymposium.org/wp-content/uploads/2015/07/P2.04-Sonia-Vivas-revised.pdf

Bisphosphonates: New strategies for targeting angiogenesis in ovarian cancer

Zien, Jackson Proceedings of the 105th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2014 Apr 5-9; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2014;74(19 Suppl):Abstract nr 2983

Systems-level analysis of drug interactions in cancer patients supports the need for a broader analytical approach to personalized cancer medicine

Taglang; Soldatos; Sulzer; Jackson http://www.winsymposium.org/wp-content/uploads/2014/06/P101_Taglang_1006.pdf

A knowledge-driven strategy based on cancer-specific disease mechanisms provides a new tool for clinical trial prioritization

Soldatos; Sulzer; Hartenfeller; Badbanchi; Diella; Stein; Jackson http://www.winsymposium.org/wp-content/uploads/2014/06/P102_Soldatos_1606.pdf

Development of a computational framework for disease knowledge modeling and clinical treatment decision support and its application to a rare cancer, malignant peripheral nerve sheath tumor (MPNST)

Proceedings of the 103rd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2012 Mar 31-Apr 4; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2012;72(8 Suppl):Abstract nr 3003

Molecular dynamics of SrcS17 activation in chronic stress-induced tumor growth

Zien, Jackson Proceedings of the 102nd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2011 Apr 2-6; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2011;71(8 Suppl):Abstract nr 937.

Conquering resistance to targeted therapies through system-based analysis of clinico-molecular information

Stein, Jackson Mol. Cancer Ther. 8, A34–A34. doi:10.1158/1535-7163.TARG-09-A34

Fachmedien

SWR Aktuell – 09. März 2018

Neue Diagnosetechnik bei Krebs

An der Charité in Berlin profitieren einige Kinder mit Krebs von einer klinischen Datenintelligenz. Die Therapieempfehlung resultiert aus einer Kombination aus Gendiagnostik und der Analyse von mehr als 100 weltweiten Wissensdatenbanken. Für das Projekt „Präzisionsmedizin in der Kinderonkologie“ hat die Charité einen Kooperationsvertrag mit der Techniker Krankenkasse (TK) und der Molecular Health GmbH abgeschlossen. Seit kurzem ist auch die Kaufmännische Krankenkasse (KKH) dem IV-Vertrag beigetreten.

Handelsblatt – 02. März 2018

Wie Big Data das Leben von krebskranken Kindern verlängert

Die Kinderkrebsstation der Berliner Charité hat ein neues Projekt: Mithilfe der Digitalisierung soll das Leben zum Sterben verurteilter Kinder verlängert werden. (…) Am Anfang jeder Therapie steht die molekulare Untersuchung des Tumors. „Dass es heute möglich ist, die DNA von Krebszellen zu entschlüsseln, ist ein Paradigmenwechsel von einem Ausmaß, das nur vergleichbar ist mit der Erfindung des Mikroskops im Jahr 1780,“ erklärt Friedrich von Bohlen, Geschäftsführer von Molecular Health.

Der Tagesspiegel – 28. Februar 2018

Gene und Daten gegen Krebs

Die Diagnose Krebs lässt niemanden kalt. Umso schlimmer, wenn Kinder betroffen sind. Zwar können Ärzte mittlerweile in etwa 80 Prozent der Fälle helfen und sogar heilen. Doch bei den übrigen 20 Prozent kommt der Krebs nach der ersten Behandlung zurück und die Überlebenschancen reduzieren sich drastisch. Diesen Kindern soll am Berliner Universitätsklinikum Charité nun mit einem speziellen Projekt geholfen werden. Dabei werden zunächst etwa 600 Gene im Erbgut der Tumorzellen der Patienten auf krebstypische Mutationen untersucht. Dann sucht die Heidelberger Bioinformatik-Firma Molecular Health in den medizinischen Literaturdatenbanken nach den Wirkstoffen, die am besten zu dem genetischen Profil des Tumors und zum Patienten passen.

Magazin M&A China/Deutschland (GoingPublic Media AG) – 12. Februar 2018

Brücken zu den Zukunftsbranchen

Als Auftakt zum Jahr des Hundes hatte die Plattform M&A China/Deutschland ihre Partner und ausgewählte Gäste nach Frankfurt geladen. In den Räumen der China Europe International Exchange AG (CEINEX) fand am 6. Februar zum vierten Mal der Partnerabend dieses deutsch-chinesischen Netzwerks statt. In der Diskussionsrunde hatten die rund 40 Teilnehmer Gelegenheit, die persönliche Einschätzung von M&A-Experten zum aktuellen Marktumfeld und zur Entwicklung der kommenden Monate zu erfahren.

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Ärztezeitung – 12. Dezember 2017

Erste Selektivverträge zu rein digitalen Medizin-Produkten

Die Techniker Krankenkassse hat mit zwei Häusern der Charité einen Vertrag über den Einsatz des „Molecular Health Guide“ abgeschlossen. Mit ihm können Patientendaten leichter zusammengeführt und interpretiert werden.

Biotechnologie – 16. September 2017

Molecular Health in China: Ein Reisebericht

Unter dem Motto „Deutsche Delegation – Investition und Zusammenarbeit in China 2017“ besuchten rund 25 Teilnehmer aus Deutschland kürzlich die Städte Hangzhou, Zibo und Weihai. Mit dabei war Stephan Hettich, Leiter Sales & Business Development Asien, der Molecular Health und sein Portfolio im Rahmen von Roadshows vorstellte. Lesen Sie den gesamten Beitrag in der aktuellen Ausgabe der Life Sciences „Biotechnologie“.

Plattform Life Sciences – 13. Mai 2017

Präzisionsmedizin durch Big Data

Erfolge der modernen Molekulargenetik und stark verbesserte Möglichkeiten, die menschliche DNS Baustein für Baustein in relativ kurzer Zeit zu sequenzieren und zu analysieren, beziehen sich spätestens seit 2001, dem Jahr der Entschlüsselung des Humangenoms, nicht mehr nur auf die Grundlagenforschung. Das Potenzial, das in diesen Fortschritten der Molekularbiologie und -genetik steckt, hat längst auch die Medizin erkannt, insbesondere die Krebsforschung. Und das Schlagwort für diese revolutionäre Entwicklung lautet: Präzisionsmedizin.

Der Tagesspiegel

Krebsgene auf Kosten des Arbeitgebers testen

„Corporate Oncology Program for Employees“ (COPE): Krebserkrankte Angestellte bekommen eine kostenlose Genanalyse und Therapieberatung. Nach SAP bietet diesen Service nun auch eine zweite Firma an.

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„Eine neue Software hilft mir, den Krebs zu besiegen“

Als die Ärztin das Wort Krebs sagt, weint Gisela nicht um ihretwillen – sondern weil sie die Tränen ihrer Töchter so hilflos machen. Im April letzten Jahres erfährt Gisela Drechsler (66) nach einer Routine-Untersuchung beim Frauenarzt, dass sie einen Tumor in der Gebärmutter hat.